يشير التطور الكلي عادةً إلى التطور فوق مستوى النوع. ولذا قد تتطلب عدسة التطور الكلي أن نقوم بتوسيع نظرتنا لشجرة الحياة بدلاً من التركيز على أحد أنواع الخنافس، وذلك حتى نُقيِّم التنوع الموجود في الفرع الحيوي للخنافس وموقعها على الشجرة.
يشمل التطور الكلي الاتجاهات والتحولات الأكبر في التطور، مثل أصل الثدييات وانقسام النباتات المُزهِرة. حيث أن أنماط التطور الكلي هي ما نراه عندما ننظر إلى تاريخ الحياة على نطاقٍ واسعٍ. وليس من السهل أن “نرى” تاريخ التطور الكلي بالضرورة، إذ لا يوجد له شهادةٌ نصيةٌ مباشرةٌ لنقرأها. ولكننا نعيد تركيب تاريخ الحياة باستخدام كل الأدلة المتاحة بدلاً من ذلك: الجيولوجيا، الحفريات، والكائنات الحية.
بعد أن نعلم ماهية الحدث التطوري الذي حصل سنحاول أن نفهم كيفية حدوثه. حيث تقوم عندها الآليات التطورية الأساسية بعملها كما يحدث في التطور الجزئي، مثل: الطفرة، الهجرة، الانحراف الوراثي، والانتخاب الطبيعي. ويمكن لهذه الآليات أن تساعد في شرح الكثير من الأنماط ذات النطاق الواسع في شجرة الحياة. حيث تستطيع هذه الآليات أن تؤدي إلى تغيراتٍ تطوريةٍ عظيمةٍ إذا ما أتيح لها الزمن الكافي.
قد تبدو عمليةً مثل الطفرة ذات نطاقٍ صغيرٍ جداً حتى تؤثر على أنماطٍ مدهشةٍ مثل انقسام الخنافس، أو على أنماطٍ عملاقةٍ مثل الاختلاف بين الكلاب وشجر الصنوبر، ولكنّها ليست كذلك. فلقد قامت الحياة وما تزال بمراكمة الطفرات وتمريرها عبر مصفاة الانتخاب الطبيعي منذ 3.8 مليار عام، وهو زمنٌ أكثر من كافٍ للعمليات التطورية لتُنتج هذا التاريخ العملاق.